Genom
Dizileme

Detaylı Bİlgi

Transkriptom Dizileme

Detaylı Bİlgi

Epigenom Dizileme

Detaylı Bİlgi

Kütüphane Dizileme

Detaylı Bİlgi

Epigenom Analizi

Epigenom analizi, genetik dizide değişiklik olmaksızın gen ifadesini düzenleyen mekanizmaları inceleyerek, hücresel işlevlerin ve hastalık süreçlerinin derinlemesine anlaşılmasını sağlar. DNA metilasyonu ve histon modifikasyonları gibi epigenetik değişiklikler, gen düzenlemesinde kritik bir rol oynar; gelişimsel biyolojiden kansere kadar birçok biyolojik süreçle ilişkilidir.

Lifescience, araştırma ihtiyaçlarına özel olarak optimize edilmiş kapsamlı epigenomik dizileme çözümleri sunar. Hizmet yelpazemiz aşağıdakileri kapsar:

  • Tüm Genom Bisülfit Dizilemesi (WGBS): C düzeyinde DNA metilasyon profili sunar.
  • Enzimatik Metilasyon Dizilemesi (EM-seq): Geleneksel bisülfit yöntemine hassas ve düşük hasarlı bir alternatiftir.
  • İndirgenmiş Temsil Bisülfit Dizilemesi (RRBS): Maliyet-etkin metilasyon analizi için hedefli dizileme sağlar.
  • Uzun Okuma Tabanlı Metilasyon Tespiti: PacBio SMRT ve Oxford Nanopore platformları ile metilasyon verisinin daha geniş kapsamlı analizi.
  • ChIP-seq: Kromatin immünoçöktürme dizilemesi ile DNA-protein etkileşimlerini ve bağlanma bölgelerini analiz eder.
  • RIP-seq: RNA immünoçöktürme dizilemesi ile RNA-protein etkileşimlerini ortaya çıkarır.
  • ATAC-seq: Açık kromatin bölgelerini belirleyerek kromatin erişilebilirliğini analiz eder (toplu ve tek hücre düzeyinde).

Epigenetik mekanizmaların çözümlenmesi; tarım araştırmaları, hastalık mekanizması çözümlemeleri, ilaç keşfi ve kişiselleştirilmiş tedavi stratejileri için kritik öneme sahiptir. Lifescience, size sadece sonuçlardan yararlanmak kalacak şekilde, analiz sürecinin tüm adımlarında uzman desteği sağlar.

Transkriptom Dizileme

Tüm genom metilasyon dizilemesi, gen düzenlemesi, hücresel gelişim ve genomik stabilite üzerinde kritik etkileri olan 5-metilsitozin (5mC) ve 5-hidroksimetilsitozin (5hmC) gibi epigenetik modifikasyonların detaylı şekilde analiz edilmesini sağlar. Lifescience, araştırma hedeflerinize özel olarak uyarlanmış metilasyon tespit çözümleriyle, tüm genom düzeyinde kapsamlı ve güvenilir veri sunar. Bu hizmet, epigenetik düzenin mekanizmalarını anlamak ve biyomedikal, tarımsal veya gelişimsel araştırmalarda derinlemesine içgörüler elde etmek için güçlü bir araçtır.

Hizmet Numune Türü Miktar (Qubit) Hacim Konsantrasyon Saflık
Mikrobiyal WGS Genomik DNA ≥ 200 ng ≥ 20 µL ≥ 10 ng/µL –
Shotgun tabanlı metagenomik Toplam DNA ≥ 200 ng ≥ 20 µL ≥ 20 ng/µL OD260/280 = 1.8–2.0
No degradation, no contamination
PCR’siz WGS/Shotgun metagenomik Genomik DNA / Toplam DNA ≥ 1.2 µg ≥ 20 µL ≥ 20 ng/µL –
Amplicon tabanlı metagenomik (Illumina) Toplam DNA ≥ 200 ng ≥ 20 µL ≥ 10 ng/µL –
PacBio Revio HiFi dizileme YMA Genomik DNA ≥ 5 µg ≥ 50 µL ≥ 70 ng/µL OD260/280 = 1.7–2.2
OD260/230 = 1.3–2.6
NC/QC = 1.00–2.20
Parçalar ≥ 20K
PacBio Sequel IIe CLR dizileme YMA Genomik DNA ≥ 2 µg ≥ 50 µL ≥ 70 ng/µL OD260/280 = 1.7–2.2
OD260/230 = 1.3–2.6
NC/QC = 0.95–3.00
Parçalar ≥ 20K
PacBio Kinnex 16S amplicon İzole DNA ≥ 300 ng ≥ 30 µL ≥ 10 ng/µL OD260/280 = 1.8–2.0
No degradation, no contamination
PacBio MAS-seq 18S/ITS İzole DNA ≥ 300 ng ≥ 30 µL ≥ 10 ng/µL –
Oxford Nanopore PromethION YMA Genomik DNA ≥ 6 µg ≥ 50 µL ≥ 60 ng/µL OD260/280 = 1.7–2.2
OD260/230 = 1.3–2.6
NC/QC = 0.95–3.00
Parçalar ≥ 20K
Uzun kodlamayan RNA'lar (lncRNA'lar), ökaryotik transkriptomun önemli bir bölümünü oluşturan, 200 nükleotidden (nt) uzun kodlamayan RNA türleridir. Bu grup; intergenik lncRNA’lar (lincRNA), intronik, antisens, sense ve çift yönlü lncRNA’lar gibi farklı alt türleri içerir. LncRNA’lar, gen transkripsiyonunun düzenlenmesi, transkripsiyon sonrası modifikasyonlar ve epigenetik mekanizmalar yoluyla hücresel işlevler üzerinde çok yönlü etkilere sahiptir. Özellikle gen ifadesi kontrolü ve hücre farklılaşması gibi kritik biyolojik süreçlerde rol oynarlar. lncRNA dizilemesi (lncRNA-seq), başta kanser ve nörolojik bozukluklar olmak üzere birçok insan hastalığında lncRNA’ların fonksiyonel rollerini incelemek için kullanılan güçlü bir Yeni Nesil Dizileme (NGS) yöntemidir.

 

Hizmet Numune Türü Miktar (Qubit) Hacim Konsantrasyon RIN (Agilent 2100) Saflık
Ökaryotik Yönlü lncRNA (rRNA uzaklaştırma) Toplam RNA (hayvan) ≥ 500 ng ≥ 10 µL ≥ 50 ng/µL ≥ 5.5, with flat baseline –
Toplam RNA (bitki & mantar) ≥ 500 ng ≥ 10 µL ≥ 50 ng/µL ≥ 5.5, with flat baseline –
Toplam RNA (kan) ≥ 500 ng ≥ 10 µL ≥ 50 ng/µL ≥ 5.5, with flat baseline –
Exosome RNA (insan & fare) ≥ 5 ng ≥ 10 µL – Fragments between 25–200 nt, FU* > 10 – –
Ökaryotik sRNA (18–40 bp ek) Toplam RNA (hayvan) ≥ 2 µg ≥ 20 µL ≥ 50 ng/µL ≥ 7.5, with flat baseline OD260/280 ≥ 2.0;
OD260/230 ≥ 2.0;
no degradation, no contamination
Toplam RNA (bitki & mantar) ≥ 2 µg ≥ 20 µL ≥ 50 ng/µL ≥ 7.0, with flat baseline
Exosome RNA ≥ 10 µg ≥ 10 µL – Fragments between 25–200 nt, FU* > 10
Ökaryotik circRNA
(rRNA ve lineer RNA uzaklaştırma)		 Toplam RNA (hayvan) ≥ 2 µg ≥ 20 µL ≥ 50 ng/µL ≥ 7.0, with flat baseline
Toplam RNA (bitki & mantar) ≥ 2 µg ≥ 20 µL ≥ 50 ng/µL ≥ 6.5, with flat baseline
Ökaryotik lncRNA & sRNA Toplam RNA ≥ 2.5 µg ≥ 30 µL ≥ 50 ng/µL ≥ 7.5 with flat baseline (hayvan)
≥ 7.0 with flat baseline (bitki & mantar)		 –
Ökaryotik lncRNA, sRNA & circRNA Toplam RNA ≥ 4.5 µg ≥ 50 µL ≥ 50 ng/µL – –

*Fluorescent units

Azaltılmış Temsil Bisülfit Dizilemesi (RRBS), DNA metilasyon analizinde özellikle CpG adaları gibi CpG açısından zengin bölgelere odaklanan etkili ve hedeflenmiş bir yaklaşımdır. Novogene'nin uyguladığı RRBS yöntemi, memeli genomlarında metilasyonun en yoğun olduğu bu bölgelerde yüksek çözünürlüklü veri elde etmeyi amaçlar. Bu yöntemde ilk olarak, CpG açısından zengin bölgeleri tanımlamak ve izole etmek için metilasyona duyarsız restriksiyon enzimi MspI kullanılır. Ardından seçilen DNA parçaları, bisülfit işlemiyle işlenir. Bu işlem sırasında metillenmemiş sitozinler urasile dönüşürken, metillenmiş sitozinler değişmeden kalır. Böylece, elde edilen diziler referans genomla karşılaştırılarak, her bir sitozinin metilasyon durumu hassas bir şekilde belirlenebilir. RRBS, sınırlı miktarda DNA ile yüksek doğrulukta metilasyon verisi sunar ve epigenetik regülasyon, gen ekspresyonu kontrolü ve hastalık mekanizmalarının anlaşılması gibi birçok araştırma alanında güvenilir bir analiz aracıdır.

Service Sample type Amount (Qubit) Volume Concentration Purity
ChIP-seq Enriched DNA ≥ 5 ng ≥ 10 µL – Main peak within 100 bp and 500 bp
RIP-seq Enriched DNA ≥ 20 ng ≥ 10 µL ≥ 2 ng/µL Fragments longer than 80 nt
Whole Genome Bisulfite Sequencing (WGBS) Genomic DNA ≥ 100 ng ≥ 20 µL ≥ 5 ng/µL 0 > OD260/230 > 3; no degradation, no contamination
Reduced Representation Bisulfite Sequencing (RRBS) Genomic DNA ≥ 800 ng ≥ 20 µL ≥ 40 ng/µL –
Enzymatic Methylation Sequencing (EM-Seq) Genomic/FFPE* DNA ≥ 100 ng ≥ 20 µL ≥ 5 ng/µL 0 > OD260/230 > 3; No EDTA in solvent
cfDNA/ctDNA** ≥ 20 ng – ≥ 3 ng/µL No EDTA in solvent

* Formalin-Fixed, Paraffin-Embedded
** Cell-free DNA, circulating-tumor DNA

ChIP-seq (Kromatin İmmünopresipitasyon Dizilemesi), DNA ile etkileşen proteinlerin bağlanma bölgelerini genom çapında haritalamak için kullanılan güçlü bir epigenetik analiz yöntemidir. Bu teknik, transkripsiyon faktörleri, histon modifikasyonları ve diğer kromatinle ilişkili proteinlerin hedef DNA bölgeleri üzerindeki dağılımını yüksek çözünürlükle belirlemeye olanak tanır. ChIP-seq, spesifik protein-DNA komplekslerini izole etmek için kromatin immüno-çöktürme (ChIP) yönteminin seçiciliğini, bu komplekslerden elde edilen DNA parçalarının yeni nesil dizileme (NGS) teknolojisiyle dizilenmesiyle birleştirir. Bu sayede, hücre içi gen düzenleme mekanizmalarının daha derinlemesine anlaşılması ve gen ekspresyonunun epigenetik düzeyde nasıl kontrol edildiğinin ortaya konması sağlanır. ChIP-seq, özellikle transkripsiyonel regülasyon, hücre farklılaşması, hastalık mekanizmaları ve epigenetik kalıtım üzerine yapılan çalışmalarda yaygın olarak kullanılmaktadır.

Service Sample Type Amount (Qubit) Volume Concentration Purity
ChIP-seq Enriched DNA ≥ 5 ng ≥ 10 µL – Main peak within 100 bp and 500 bp
RIP-seq Enriched DNA ≥ 20 ng ≥ 10 µL ≥ 2 ng/µL Fragments longer than 80 nt

ChIP-seq Highlights

  • Understand how transcription factors regulate genes by profiling genome-wide binding sites
  • Outline histone modification patterns associated with experimental treatment or sample conditions
  • Investigate the relationships between epigenetic profiles and transcriptional regulation through joint analysis
  • Explore correlations between ChIP-seq and gene expression through associated analysis

RIP-seq Highlights

  • Verify the interactions between RNAs and target proteins
  • Analyze the interaction network between RNA binding proteins and ncRNAs, such as lncRNA and miRNA
  • Identify genome-wide networks of RNA-RBP interactions
RIP-seq (RNA İmmünopresipitasyon Dizilemesi), belirli RNA bağlayıcı proteinlerle (RBP’ler) etkileşim içinde olan RNA moleküllerini analiz etmek için kullanılan güçlü bir yeni nesil dizileme tekniğidir. Bu yöntem, protein-RNA etkileşimlerinin genom çapında haritalanmasını mümkün kılar. Araştırmacılara, RBP’lerin gen ifadesi, RNA eklenmesi (splicing), stabilite, hücre içi lokalizasyon ve translasyon gibi temel biyolojik süreçlerde nasıl rol oynadığını detaylı bir şekilde inceleme imkânı sunar. Bu sayede gen düzenleme mekanizmaları ve hastalıklarla ilişkili RBP hedeflerinin belirlenmesi açısından önemli bir araçtır.

Service Sample Type Amount (Qubit) Volume Concentration Purity
ChIP-seq Enriched DNA ≥ 5 ng ≥ 10 µL – Main peak within 100 bp and 500 bp
RIP-seq Enriched DNA ≥ 20 ng ≥ 10 µL ≥ 2 ng/µL Fragments longer than 80 nt

ChIP-seq highlights

  • Understand how transcription factors regulate genes by profiling a genome-wide binding sites
  • Outline histone modification patterns associated with experimental treatment or sample conditions
  • Investigate the relationships between epigenetic profiles and transcriptional regulation through joint analysis
  • Associated analysis is provided to explore correlations between ChIP-seq and gene expression

RIP-seq highlights

  • Verify the interactions between RNAs and target proteins
  • Analyse the interaction network between RNA binding proteins and ncRNAs, such as lncRNA and miRNA
  • Identify genome-wide networks of RNA-RBP interactions