Genom
Dizileme

Detaylı Bİlgi

Transkriptom Dizileme

Detaylı Bİlgi

Epigenom Dizileme

Detaylı Bİlgi

Kütüphane Dizileme

Detaylı Bİlgi

Transkriptom Dizileme

Lifescience transkriptom dizileme hizmetleri, transkriptom araştırmalarının tüm potansiyelini ortaya çıkarmak için kapsamlı ve yüksek çözünürlüklü analiz imkânı sunar.

RNA dizileme teknolojimiz, hem kodlayan (mRNA) hem de kodlamayan (lncRNA, sRNA, circRNA) bölgeleri kapsayarak, hücresel süreçler arasındaki karmaşık etkileşimlere dair değerli içgörüler sağlar.

Uzun okuma teknolojileri ile desteklenen tam uzunlukta transkript dizileme, alternatif eklenmiş transkriptlerin, gen füzyonlarının ve yeni transkriptlerin güvenilir şekilde tespit edilmesini sağlar. Ayrıca, hem bireysel türlerde hem de tüm topluluk düzeylerinde gerçekleştirilen prokaryotik RNA ve metatranskriptomik dizileme çözümleriyle, mikrobiyal gen ifadesi detaylı biçimde incelenebilir.

  • mRNA Dizilemesi
  • Uzun Kodlamayan RNA Dizilemesi (lncRNA-seq)
  • Küçük RNA Dizilemesi (sRNA-seq)
  • Dairesel RNA Dizilemesi (circRNA-seq)
  • Alternatif ekleme ve gen füzyon olaylarının tespiti
  • Yeni transkript keşfi
  • Mikrobiyal popülasyon dinamiklerinin analizi
  • İlaç direnci ve hastalık mekanizmalarının araştırılması
  • Tarım, çevre, gıda ve su güvenliği odaklı gen ekspresyon çalışmaları

Transkriptom Dizileme

RNA dizilemesi (RNA-seq), hücresel işlevlerin ve gen düzenleme mekanizmalarının anlaşılmasında çığır açan bir yöntemdir. Bu teknik, hücrelerin transkripsiyonel yapısına dair benzersiz bir içgörü sunarak, gen ifadesi profillerinin hassas bir şekilde ortaya çıkarılmasını sağlar. Yeni nesil dizileme (NGS) teknolojisiyle desteklenen RNA-seq, transkriptomdaki sürekli varyasyonları tanımlar ve farklı koşullar altında hücresel yanıtların analizini mümkün kılar. Bu yöntemde, tek zincirli haberci RNA’lar (mRNA’lar) seçici olarak yakalanır veya zenginleştirilir ve ardından kütüphane hazırlığı için tamamlayıcı DNA'ya (cDNA) dönüştürülür.

 

Hizmet Numune Türü Miktar (Qubit) Hacim Konsantrasyon RIN (Agilent 2100) Saflık
Eukaryotik mRNA (polyA zenginleştirme) Toplam RNA (hayvan) ≥ 100 ng ≥ 10 µL ≥ 10 ng/µL ≥ 4.0, with flat baseline –
Toplam RNA (bitki & mantar) ≥ 100 ng ≥ 10 µL ≥ 10 ng/µL ≥ 4.0, with flat baseline –
Toplam RNA (kan) ≥ 400 ng ≥ 20 µL ≥ 20 ng/µL ≥ 5.0, with flat baseline –
– Çift sarmallı cDNA ≥ 100 ng ≥ 10 µL ≥ 10 ng/µL Fragments between 400–5000 bp, main peak at ~2000 bp OD260/280 ≥ 2.0;
OD260/230 ≥ 2.0;
no degradation, no contamination
Strand-specific Eukaryotic mRNA (polyA zenginleştirme) Toplam RNA (hayvan) ≥ 400 ng ≥ 20 µL ≥ 20 ng/µL ≥ 5.0, with flat baseline –
Toplam RNA (bitki & mantar) ≥ 400 ng ≥ 20 µL ≥ 20 ng/µL ≥ 5.0, with flat baseline –
Toplam RNA (kan) ≥ 400 ng ≥ 20 µL ≥ 20 ng/µL ≥ 5.0, with flat baseline –
Uzun kodlamayan RNA'lar (lncRNA'lar), ökaryotik transkriptomun önemli bir bölümünü oluşturan, 200 nükleotidden (nt) uzun kodlamayan RNA türleridir. Bu grup; intergenik lncRNA’lar (lincRNA), intronik, antisens, sense ve çift yönlü lncRNA’lar gibi farklı alt türleri içerir. LncRNA’lar, gen transkripsiyonunun düzenlenmesi, transkripsiyon sonrası modifikasyonlar ve epigenetik mekanizmalar yoluyla hücresel işlevler üzerinde çok yönlü etkilere sahiptir. Özellikle gen ifadesi kontrolü ve hücre farklılaşması gibi kritik biyolojik süreçlerde rol oynarlar. lncRNA dizilemesi (lncRNA-seq), başta kanser ve nörolojik bozukluklar olmak üzere birçok insan hastalığında lncRNA’ların fonksiyonel rollerini incelemek için kullanılan güçlü bir Yeni Nesil Dizileme (NGS) yöntemidir.

 

Hizmet Numune Türü Miktar (Qubit) Hacim Konsantrasyon RIN (Agilent 2100) Saflık
Ökaryotik Yönlü lncRNA (rRNA uzaklaştırma) Toplam RNA (hayvan) ≥ 500 ng ≥ 10 µL ≥ 50 ng/µL ≥ 5.5, with flat baseline –
Toplam RNA (bitki & mantar) ≥ 500 ng ≥ 10 µL ≥ 50 ng/µL ≥ 5.5, with flat baseline –
Toplam RNA (kan) ≥ 500 ng ≥ 10 µL ≥ 50 ng/µL ≥ 5.5, with flat baseline –
Exosome RNA (insan & fare) ≥ 5 ng ≥ 10 µL – Fragments between 25–200 nt, FU* > 10 – –
Ökaryotik sRNA (18–40 bp ek) Toplam RNA (hayvan) ≥ 2 µg ≥ 20 µL ≥ 50 ng/µL ≥ 7.5, with flat baseline OD260/280 ≥ 2.0;
OD260/230 ≥ 2.0;
no degradation, no contamination
Toplam RNA (bitki & mantar) ≥ 2 µg ≥ 20 µL ≥ 50 ng/µL ≥ 7.0, with flat baseline
Exosome RNA ≥ 10 µg ≥ 10 µL – Fragments between 25–200 nt, FU* > 10
Ökaryotik circRNA
(rRNA ve lineer RNA uzaklaştırma)		 Toplam RNA (hayvan) ≥ 2 µg ≥ 20 µL ≥ 50 ng/µL ≥ 7.0, with flat baseline
Toplam RNA (bitki & mantar) ≥ 2 µg ≥ 20 µL ≥ 50 ng/µL ≥ 6.5, with flat baseline
Ökaryotik lncRNA & sRNA Toplam RNA ≥ 2.5 µg ≥ 30 µL ≥ 50 ng/µL ≥ 7.5 with flat baseline (hayvan)
≥ 7.0 with flat baseline (bitki & mantar)		 –
Ökaryotik lncRNA, sRNA & circRNA Toplam RNA ≥ 4.5 µg ≥ 50 µL ≥ 50 ng/µL – –

*Fluorescent units

Küçük RNA’lar (sRNA’lar), genellikle protein kodlamayan ve hücresel düzeyde gen ifadesinin transkripsiyon sonrası düzenlenmesi ile gen susturulması gibi önemli işlevlerde rol oynayan kısa RNA molekülleridir. Bu grupta yer alan mikroRNA’lar (miRNA’lar), genellikle 18–40 nükleotid uzunluğunda olup, genetik düzenlemelerde kritik rol oynar. sRNA Dizilemesi (sRNA-seq) yöntemi, bu küçük RNA'ların hassas ve detaylı bir şekilde analiz edilmesini sağlar. Özellikle mikroRNA profillemesi, hastalık biyobelirteçlerinin keşfi, gelişimsel süreçlerin anlaşılması ve hücresel yanıtların izlenmesi açısından büyük önem taşır.

 

Hizmet Numune Türü Miktar (Qubit) Hacim Konsantrasyon RIN (Agilent 2100) Saflık
Ökaryotik Yönlü lncRNA (rRNA uzaklaştırma) Toplam RNA (hayvan) ≥ 500 ng ≥ 10 µL ≥ 50 ng/µL ≥ 5.5, with flat baseline –
Toplam RNA (bitki & mantar) ≥ 500 ng ≥ 10 µL ≥ 50 ng/µL ≥ 5.5, with flat baseline –
Toplam RNA (kan) ≥ 500 ng ≥ 10 µL ≥ 50 ng/µL ≥ 5.5, with flat baseline –
Exosome RNA (insan & fare) ≥ 5 ng ≥ 10 µL – Fragments between 25–200 nt, FU* > 10 –
Ökaryotik sRNA (18–40 bp ek) Toplam RNA (hayvan) ≥ 2 µg ≥ 20 µL ≥ 50 ng/µL ≥ 7.5, with flat baseline OD260/280 ≥ 2.0;
OD260/230 ≥ 2.0;
no degradation, no contamination
Toplam RNA (bitki & mantar) ≥ 2 µg ≥ 20 µL ≥ 50 ng/µL ≥ 7.0, with flat baseline
Exosome RNA ≥ 10 µg ≥ 10 µL – Fragments between 25–200 nt, FU* > 10
Ökaryotik circRNA
(rRNA ve lineer RNA uzaklaştırma)		 Toplam RNA (hayvan) ≥ 2 µg ≥ 20 µL ≥ 50 ng/µL ≥ 7.0, with flat baseline
Toplam RNA (bitki & mantar) ≥ 2 µg ≥ 20 µL ≥ 50 ng/µL ≥ 6.5, with flat baseline
Ökaryotik lncRNA & sRNA Toplam RNA ≥ 2.5 µg ≥ 30 µL ≥ 50 ng/µL ≥ 7.5 with flat baseline (hayvan)
≥ 7.0 with flat baseline (bitki & mantar)		 –
Ökaryotik lncRNA, sRNA & circRNA Toplam RNA ≥ 4.5 µg ≥ 50 µL ≥ 50 ng/µL – –

*Fluorescent units

Dairesel RNA’lar (circRNA’lar), 5' kapak yapısı ve 3' poli(A) kuyruğu bulunmayan, kovalent olarak kapalı halka formunda bulunan kodlamayan RNA (ncRNA) türleridir. Bu benzersiz dairesel yapı, circRNA’ların ekzonükleaz enzimlerine karşı yüksek direnç göstermesini sağlar ve onları oldukça kararlı moleküller haline getirir. Bu yapısal dayanıklılık, kütüphane hazırlama süreçlerinde circRNA’ların etkin bir şekilde analiz edilmesini mümkün kılar. CircRNA’lar, genetik düzenlemede, transkripsiyon sonrası süreçlerde ve potansiyel biyobelirteç olarak birçok biyolojik araştırmada önemli bir yer tutmaktadır.

 

Hizmet Numune Türü Miktar (Qubit) Hacim Konsantrasyon RIN (Agilent 2100) Saflık
Ökaryotik Yönlü lncRNA (rRNA uzaklaştırma) Toplam RNA (hayvan) ≥ 500 ng ≥ 10 µL ≥ 50 ng/µL ≥ 5.5, with flat baseline –
Toplam RNA (bitki & mantar) ≥ 500 ng ≥ 10 µL ≥ 50 ng/µL ≥ 5.5, with flat baseline –
Toplam RNA (kan) ≥ 500 ng ≥ 10 µL ≥ 50 ng/µL ≥ 5.5, with flat baseline –
Exosome RNA (insan & fare) ≥ 5 ng ≥ 10 µL – Fragments between 25–200 nt, FU* > 10 –
Ökaryotik sRNA (18–40 bp ek) Toplam RNA (hayvan) ≥ 2 µg ≥ 20 µL ≥ 50 ng/µL ≥ 7.5, with flat baseline OD260/280 ≥ 2.0;
OD260/230 ≥ 2.0;
no degradation, no contamination
Toplam RNA (bitki & mantar) ≥ 2 µg ≥ 20 µL ≥ 50 ng/µL ≥ 7.0, with flat baseline
Exosome RNA ≥ 10 µg ≥ 10 µL – Fragments between 25–200 nt, FU* > 10
Ökaryotik circRNA
(rRNA ve lineer RNA uzaklaştırma)		 Toplam RNA (hayvan) ≥ 2 µg ≥ 20 µL ≥ 50 ng/µL ≥ 7.0, with flat baseline
Toplam RNA (bitki & mantar) ≥ 2 µg ≥ 20 µL ≥ 50 ng/µL ≥ 6.5, with flat baseline
Ökaryotik lncRNA & sRNA Toplam RNA ≥ 2.5 µg ≥ 30 µL ≥ 50 ng/µL ≥ 7.5 with flat baseline (hayvan)
≥ 7.0 with flat baseline (bitki & mantar)		 –
Ökaryotik lncRNA, sRNA & circRNA Toplam RNA ≥ 4.5 µg ≥ 50 µL ≥ 50 ng/µL – –

*Fluorescent units

Tüm Transkriptom Dizilemesi, bir organizmanın tüm RNA transkriptlerinin —hem kodlayan hem de kodlamayan RNA'ların— poli(A) kuyruğu taşıyıp taşımadığına bakılmaksızın detaylı bir şekilde karakterize edilmesini sağlar. Bu yöntem, gen ekspresyon analizleri ve yeni transkript keşifleri için kapsamlı veri sunar. Hem hipotez odaklı çalışmalar hem de keşif temelli araştırmalar için ideal olan bu yaklaşım, transkriptomun bütüncül bir görünümünü elde etmek isteyen araştırmacılar için güçlü bir çözümdür.

Numune Gereksinimleri

Kütüphane Türü Numune Türü Miktar Hacim Konsantrasyon RNA Bütünlük İndeksi (Agilent 2100) Saflık (NanoDrop™)
lncRNA & Small RNA kütüphanesi Toplam RNA ≥ 2.5 µg ≥ 30 µL ≥ 50 ng/µL Hayvan: ≥ 7.5, Bitki: ≥ 7, with smooth baseline OD260/280 ≥ 2.0; OD260/230 ≥ 2.0;
bozulma ve kontaminasyon olmamalı
lncRNA & Small RNA & circRNA kütüphanesi Toplam RNA ≥ 4.5 µg ≥ 50 µL ≥ 50 ng/µL Hayvan: ≥ 7.5, Bitki: ≥ 7, with smooth baseline OD260/280 ≥ 2.0; OD260/230 ≥ 2.0;
bozulma ve kontaminasyon olmamalı

Dizileme Parametreleri

Platform Okuma Uzunluğu Önerilen Derinlik Veri Kalitesi Süre
Illumina NovaSeq 6000 Paired-end 150 & Single-end 50 lncRNA: ≥ 40 milyon okuma
sRNA: ≥ 20 milyon okuma		 Q30 veya üzeri kalite ile ≥ %85 Proje onayından itibaren 10 hafta içinde sonuç (biyoenformatik analiz hariç)

Veri Analizi İçeriği

Karşılaştırma Analiz İçeriği
lncRNA vs miRNA lncRNA ve pro-miRNA’ların homolog analizleri
lncRNA vs mRNA lncRNA ve mRNA arasında hedef ilişkisi analizi
miRNA vs lncRNA Farklı ifade edilen miRNA’ların hedef lncRNA’larla etkileşim analizi
miRNA vs mRNA Farklı ifade edilen miRNA ve mRNA’lar arasında hedef ilişki analizi
circRNA vs mRNA circRNA’ların kaynak genleri ile etkileşim analizi
circRNA vs miRNA Diferansiyel circRNA ve miRNA’ların hedef etkileşim analizi
lncRNA vs miRNA vs mRNA lncRNA, miRNA ve mRNA üçlü etkileşim analizi
circRNA vs miRNA vs mRNA circRNA, miRNA ve mRNA üçlü etkileşim analizi

İzoform Dizilemesi (Iso-seq) ile Tam Uzunlukta Transkript Analizi

İzoform Dizileme (Iso-seq), hedeflenen genlerdeki tam uzunlukta transkript izoformlarının — 5' UTR'den 3' poli(A) kuyruğuna kadar — eksiksiz olarak dizilenmesini sağlayan gelişmiş bir RNA dizileme yöntemidir.

Uzun okuma teknolojisine dayalı bu yöntem, aşağıdaki araştırma alanlarında yüksek hassasiyet ve kapsamlı veri sunar:

  • Alternatif ekleme olaylarının tanımlanması
  • Füzyon genlerinin karakterizasyonu
  • Genom açıklama (annotasyon) süreçlerinin iyileştirilmesi
  • Yeni transkript keşfi

Iso-seq, karmaşık transkriptom yapılarının çözümlenmesinde ve gen ifadesinin detaylı biçimde analiz edilmesinde araştırmacılara güçlü bir araç sunar.

Numune Gereksinimleri

Kütüphane Türü Numune Türü Miktar Hacim Konsantrasyon RIN (Agilent 2100) Saflık (NanoDrop™ / Agarose Jel)
PacBio Sequel II / IIe RNA Kütüphanesi Toplam RNA ≥ 800 ng ≥ 15 µL ≥ 60 ng/µL ≥ 6.5 A260/280 = 1.8–2.2; A260/230 = 1.3–2.5; NC/QC < 2.5

Dizileme Parametreleri

Platform Önerilen Derinlik Süre
PacBio Sequel Sistemi ≥ 15 G baz çifti / örnek Proje onayından itibaren 7 hafta içinde (biyoenformatik analiz hariç)

Veri Analizi – Referanslı Türler

Kategori Analiz İçeriği
Genel İşlem Veri kalite kontrolü
Tam uzunlukta transkriptlerin tanımlanması, gruplanması ve düzeltilmesi
Okumaların referans genoma hizalanması
Yeni transkriptlerin öngörülmesi ve anotasyonu (GO, Swiss-Prot)
Yapısal İzofrom Analizi Füzyon transkript analizi
Alternatif ekleme (splicing)
Alternatif poliadenilasyon
TTS & TSS tahmini
Ek Analizler Transkripsiyon faktörü analizi
lncRNA tahmini
Diferansiyel Ekspresyon Analizi
(Karşılaştırmalı Gruplar İçin)		 İzofrom kantifikasyonu ve diferansiyel analiz
GO zenginleştirme
KEGG zenginleştirme

Veri Analizi – Referanssız Türler

Kategori Analiz İçeriği
Genel İşlem Veri kalite kontrolü
Tam uzunlukta transkript analizi Tanımlama, gruplama ve düzeltme
SSR Analizi Basit dizi tekrar analizi
Fonksiyonel Anotasyon Nr, Nt, KEGG, GO, KOG, Swiss-Prot, Pfam veri tabanları
TF Analizi Transkripsiyon faktörü analizi (yalnızca bitki ve hayvan türleri)
Diferansiyel Ekspresyon Analizi
(Karşılaştırmalı Gruplar İçin)		 İzofrom kantifikasyonu ve diferansiyel analiz
GO zenginleştirme
KEGG zenginleştirme